L'antisepsie (du grec ancien σῆψις, sepsis, « putréfaction ») est une opération dont le résultat est d'éliminer momentanément les micro-organismes au niveau des tissus vivants par application d'un produit antiseptique.
Il envisage l’existence d’anticorps, évoque la possibilité de vaccins par des virus atténués, préconise asepsie et antisepsie, incite à trouver des médicaments toxiques pour ces germes.
Il a également utilisé la stérilisation des instruments chirurgicaux et des pansements à la vapeur et démontré sa supériorité sur l'antisepsie chimique.
La solution n'apparaitra que vers la fin des années 1870, lorsque l'hygiène « aériste » sera remplacée par une hygiène hospitalière fondée sur l'antisepsie (théorie microbienne).
L'antisepsie listérienne, dont l'efficacité triomphera en quelques années des résistances, est, au point de vue théorique, une branche importante de la théorie microbienne.
