Das Ziel des Puzzles ist es, ähnlich wie bei dem normalen Zauberwürfel, alle Teile des Puzzles durch geschicktes Drehen an ihre ursprünglichen Positionen zu bringen.
Trotz der sehr ungewöhnlichen Form und Erscheinung lässt sich der Mastermorphix fast genauso wie der normale Zauberwürfel lösen, allerdings müssen kleine Details berücksichtigt werden.