In der alpha-Untereinheit endet der beta-Strang 3 mit einer Beule, die in das Innere der Faß-Struktur ragt.
Hier bilden Ala74 und Ala75 eine ( für nicht-Prolin seltene ) cis-Peptidbindung.
In der Luciferase liegt diese cis-Bindung am C-Terminus der Faß-Struktur, wo alle bekannten Proteine mit ( beta / alpha ) 8-Fässern das aktive Zentrum haben.
www.biologie.uni-hamburg.deBeta strand 3 in the alpha subunit ends with a bulge protruding into the barrel.
Here Ala74 and Ala75 form a ( in case of non-proline rare ) cis-peptide bond.
This cis-bond is situated near to the C-terminus of the barrel, where all known proteins with ( beta / alpha ) 8 barrels contain their active center.
www.biologie.uni-hamburg.deCarbonyl-Sauerstoffbindungen polarisiert und damit His264 soweit verschiebt, daß diese Aminosäure ein Proton von einem der gebundenen Wassermoleküle übernehmen kann.
Das würde ausreichen, um die Peptidbindung zu spalten.
Die Aktivierung der zu spaltenden Bindung wird durch die Orientierung der Carbonylgruppen erleichtert: beide Sauerstoffatome zeigen parallel in das Lumen des Capsids.
www.biologie.uni-hamburg.deThe RNA is supposed to polarize carbonyl oxygen bonds ( by carrying a metal ion ? ) and to shift His264 so it can abstract a proton from one of the bound water molecules.
This would suffice to cleave the peptide bond.
Activation of the scissile bond by an entering ligand is facilitated by the orientation of both involved carbonyl oxygens straight into the lumen of the capsid in a parallel way, an orientation highly unusual for adjoining amino acids.
www.biologie.uni-hamburg.deStarke Brücken gehen von den Threonin-Carbonylsauerstoff... aus.
Schwächere Wasserstoffbrücken gibt es zwischen der Peptidbindung und der Base.
Hydrophobe Kontakte vervollständigen die intermolekularen Wechselwirkungen.
www.biologie.uni-hamburg.deStrong hydrogen bridges originate from the threonine carbonyl oxygens.
Weaker hydrogen bridges are found between the peptide amide and the base.
Hydrophobic contacts complete the intermolecular interactions.
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