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peptide bond [ˌpeptaɪdˈbɒnd] RZ.
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There are two water molecules bound by hydrogen bridges to both loops.
This steric configuration is however insufficient to perform the hydrolysis of the peptide bond between Asn69 and Ser70 - and so it should: the cut is supposed to occur after insertion of the genomic RNA into the empty capsid only.
If the inside of the capsid is viewed along a threefold axis a depression is seen which is able to accomodate a macromolecule.
www.biologie.uni-hamburg.deZwei Wassermoleküle sind über Wasserstoffbrücken an beide Schlaufen gebunden.
Diese sterische Anordnung ist jedoch unzureichend, um die Peptidbindung zwischen Asn69 und Ser70 zu spalten - und das ist Absicht: der Schnitt soll erst erfolgen, wenn die genomische RNA in das Capsid gepackt wird.
Bei Ansicht der Innenseite des Capsides entlang einer dreifachen Symmetrieachse ist eine Aushöhlung zu sehen, die ein Makromolekül aufnehmen kann.
www.biologie.uni-hamburg.deThis model treats the proteins that are to be docked, in his case an enzyme and the corresponding substrate, as rigid bodies which have to possess geometrically complementary regions.
Indeed, proteins are not rigid and contain flexible side chains, but studies revealed that the backbone - the skeletal structure consisting of the functional groups linked by peptide bonds - only changes barely during the formation of the complex.
In general, the docking process does not return only one specific drug candidate but rather a large number of molecules which fulfill the mere physical preconditions to interact with the target.
www.zbi.uni-saarland.deDieses Modell besagt, dass die zu dockenden Proteine, in seinem Fall Enzym und passendes Substrat, starre Körper sind, die geometrisch komplementäre Regionen besitzen müssen.
Zwar sind Proteine keine starren Körper und haben bewegliche Seitenketten, allerdings ergaben Untersuchungen, dass sich der Backbone, also das Grundgerüst bestehend aus den durch Peptidbindung verknüpften funktionellen Gruppen, bei vielen Proteinen während der Komplexbildung kaum verändert.
In der Regel liefert das Docking nicht nur einen Wirkstoffkandidaten, sondern eine große Zahl, die die rein physikalischen Voraussetzungen erfüllen, um mit dem Target zu interagieren.
www.zbi.uni-saarland.deThe RNA is supposed to polarize carbonyl oxygen bonds ( by carrying a metal ion ? ) and to shift His264 so it can abstract a proton from one of the bound water molecules.
This would suffice to cleave the peptide bond.
Activation of the scissile bond by an entering ligand is facilitated by the orientation of both involved carbonyl oxygens straight into the lumen of the capsid in a parallel way, an orientation highly unusual for adjoining amino acids.
www.biologie.uni-hamburg.deCarbonyl-Sauerstoffbindungen polarisiert und damit His264 soweit verschiebt, daß diese Aminosäure ein Proton von einem der gebundenen Wassermoleküle übernehmen kann.
Das würde ausreichen, um die Peptidbindung zu spalten.
Die Aktivierung der zu spaltenden Bindung wird durch die Orientierung der Carbonylgruppen erleichtert: beide Sauerstoffatome zeigen parallel in das Lumen des Capsids.
www.biologie.uni-hamburg.deThere are two water molecules bound by hydrogen bridges to both loops.
This steric configuration is however insufficient to perform the hydrolysis of the peptide bond between Asn69 and Ser70 - and so it should:
the cut is supposed to occur after insertion of the genomic RNA into the empty capsid only.
www.biologie.uni-hamburg.deZwei Wassermoleküle sind über Wasserstoffbrücken an beide Schlaufen gebunden.
Diese sterische Anordnung ist jedoch unzureichend, um die Peptidbindung zwischen Asn69 und Ser70 zu spalten - und das ist Absicht:
der Schnitt soll erst erfolgen, wenn die genomische RNA in das Capsid gepackt wird.
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