Die beta-Stränge dieser Domänen liegen so nebeneinander, daß ein durchgehendes beta-Faß gebildet wird.
Hier sind die Protomere also auch durch Wasserstoffbrücken fest verbunden.
Dieses Faß hat einen inneren Durchmesser ( Abstand der Calpha-Atome ) von 26 Å und eine Höhe von 52 Å.
www.biologie.uni-hamburg.deThe beta strands of this domain are arranged in a form that in the complex there is a thorough beta barrel comprised of a single pleated sheet.
In this barrel the protomers are fastened by hydrogen bridges too.
The inner diameter of the barrel is 26 Å ( distance of the Calpha atoms ), the height is 52 Å.
www.biologie.uni-hamburg.deCTGlGPATCCAG.
Das Antibiotikum bindet in diesem Molekül wie ein " normales " G mit drei Wasserstoffbrücken an das gegenüberliegende C.
www.biologie.uni-hamburg.deCTGlGPATCCAG.
In this molecule the antibiotic binds like a " normal " G to the opposite C using three hydrogen bridges.
www.biologie.uni-hamburg.deDie beiden globulären Bereiche werden durch eine Brücke aus den Aminosäuren 133 bis 161 verbunden.
Zwischen dem Stickstoff des aminoterminalen Asn1 und dem Carbonylsauerstoff von Leu153 gibt es eine Wasserstoffbrücke, die die an sich flexible Struktur stabilisiert.
Die Proteinkette A2 bildet eine durchgehende Helix, die lediglich an einer Stelle um 52 ° geknickt ist.
www.biologie.uni-hamburg.deThe two globular parts are connected by a bridge of amino acids 133 to 161.
There is a hydrogen bridge between the backbone nitrogen of Asn1 and the carbonyl oxygen of Leu153 stabilizing the intrinsically flexible structure.
Protein chain A2 forms a continous helix which is bent at one point by 52 °.
www.biologie.uni-hamburg.deEs gibt nur wenige kurze helicale Abschnitte.
Im Bereich von Asn32 bis Ile45 gibt es eine 310-Helix ( a ), die über einen gamma-Turn direkt mit einer regulären alpha-Helix ( b ) verbunden ist ( Wasserstoffbrücken in grün ).
www.biologie.uni-hamburg.deThere are few helical stretches.
Between Asn32 and Ile45 there is a 310-helix ( a ), which is connected by a gamma-turn directly to a regular alpha helix ( b ) ( hydrogen bridges shown in green ).
www.biologie.uni-hamburg.deDie Spaltstelle liegt in einer Schlaufe gegenüber His264.
Zwei Wassermoleküle sind über Wasserstoffbrücken an beide Schlaufen gebunden.
Diese sterische Anordnung ist jedoch unzureichend, um die Peptidbindung zwischen Asn69 und Ser70 zu spalten - und das ist Absicht: der Schnitt soll erst erfolgen, wenn die genomische RNA in das Capsid gepackt wird.
www.biologie.uni-hamburg.deThe scissile bond is in a loop opposite His264.
There are two water molecules bound by hydrogen bridges to both loops.
This steric configuration is however insufficient to perform the hydrolysis of the peptide bond between Asn69 and Ser70 - and so it should: the cut is supposed to occur after insertion of the genomic RNA into the empty capsid only.
www.biologie.uni-hamburg.deIn diesem Modell wurde der Rezeptor so in den Canyon eingepaßt, daß möglichst viele gegenübeliegende Aminosäuren hinsichtlich bindender Wechselwirungen positioniert werden.
Die Oberfläche des Canyions enthält hydrophobe ( van der Waals-Kräfte ), hydrophile ( Wasserstoffbrücken ), oder geladene ( saure oder basische ) Aminosäuren in Bindeabstand zum Rezeptor ( mit der Maus kann das Bild für gründliche Ansichten bewegt werden! ).
Zu den Gegenspielern im Rezeptor können die entsprechenden Bindungen ausgebildet werden.
www.biologie.uni-hamburg.deBy model building it is possible to place the receptor into the canyon by matching as many as possible amino acids according to their properties in relation to binding interactions.
So the walls of the canyon are lined with hydrophobic ( van der Waals forces ), hydrophilic ( hydrogen bridges ), or charged ( acidic or basic ) amino acids in contacting distance to the receptor ( use the mouse to have a thorough look at the canyon! ).
The counterparts in the receptor may form the possible bonds then.
www.biologie.uni-hamburg.deFür den Zusammenhalt der Protomere sind der aminoterminale Riegel und die Dreieckregion zwischen der Stamm- und den anderen Domänen wichtig, diese Regionen überlagern jeweils flächig das Nachbarprotomer.
Jedes Protomer bildet mit seinen Nachbarn insgesamt 120 Salzbrücken ( ionische Wechselwirkungen ) und Wasserstoffbrücken sowie etwa 850 van der Waals-Kontakte.
Für die Heptamerbildung besonders wichtig ist ein Histidin ( Mutation zu Cystein verhindert die Zusammenlagerung ).
www.biologie.uni-hamburg.deConnecting forces between the protomers originate from the amino terminal lever and the triangel area between the stem- and the other domains, these areas overlap to a large part with the adjacent protomer.
Each protomer forms to its neighbors 120 salt bridges ( ionic interactions ) and hydrogen bridges, additionally there are 850 van der Waals-contacts.
Of special importance for the oligomerization is one histidine ( mutational replacement by cysteine abolishes the formation of the complex ).
www.biologie.uni-hamburg.deStarke Brücken gehen von den Threonin-Carbonylsauerstoff... aus.
Schwächere Wasserstoffbrücken gibt es zwischen der Peptidbindung und der Base.
Hydrophobe Kontakte vervollständigen die intermolekularen Wechselwirkungen.
www.biologie.uni-hamburg.deStrong hydrogen bridges originate from the threonine carbonyl oxygens.
Weaker hydrogen bridges are found between the peptide amide and the base.
Hydrophobic contacts complete the intermolecular interactions.
www.biologie.uni-hamburg.deEinige davon haben Bedeutung für die Gesamtstruktur.
Ein Beispiel ist das Wassermolekül, das eine Wasserstoffbrücke zwischen dem Ketosauerstoff von G3 und der Phosphatgruppe von A6 des kreuzenden Stranges bildet.
Literatur:
www.biologie.uni-hamburg.deThe cruciform DNA shown here is populated by water too.
Some of these are structurally important, like a water forming a hydrogen bridge between the keto oxygen of G3 and the phosphate group of A6 in a crossing strand.
Literature:
www.biologie.uni-hamburg.deDie Banden im Terahertz-Spektrum spiegelten zum einen eine Öffnungs- und Schließbewegung des Glycins wider.
Das Spektrum enthielt aber auch die Bewegungen der Wasserstoffbrücken zwischen dem Glycin und den daran gebundenen Wassermolekülen.
„Durch das Zusammenspiel von ab initio Molekulardynamik-Simulationen und Terahertz-Spektroskopie haben wir ein hervorragendes Instrument, um Lösungsvorgänge auf molekularer Ebene zu verfolgen und zu verstehen“, sagt Martina Havenith-Newen, Leiterin des Lehrstuhls Physikalische Chemie II.
aktuell.ruhr-uni-bochum.des opening and closing motion.
The spectrum also incorporated the motion of hydrogen bridges between the glycine and its bound water molecules.
"The interaction between ab initio molecular-dynamics simulations and Terahertz spectroscopy provides us with an excellent instrument for tracking and understanding solvation processes on the molecular level," says Martina Havenith-Newen, Head of the Department of Physical Chemistry II.
aktuell.ruhr-uni-bochum.deChcesz dodać słowo, frazę lub tłumaczenie?
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